El claustro de mediodía está construido en diferentes épocas. La arquería románica constituye un ala, las otras tres son del primer tercio del siglo XVIII, obra de Compostizo y Domingo el portugués. La arquería románica, una galería abierta de cinco arcos, es uno de los dos pórticos que se añadieron al inicial de la iglesia. Recorría el muro norte del primitivo templo prolongándose hasta la muralla. Permaneció oculto desde el siglo XVI, fecha en que el abad Fonseca (1519-1524) mandó construir un nuevo claustro, hasta que hacia la segunda década del siglo XX el arquitecto Torbado lo descubriera. Esta arquería que vemos hoy, restaurada en 1960 por Menéndez Pidal, consta de cuatro vanos en arco de doble rosca y uno más pequeño como ingreso enfrente de la puerta del templo; algunas piezas están rehechas, otras son originales.
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El pórtico remata en una cornisa y canecillos con cabezas de lobo, gemelos de los de la iglesia asturiana de San Pedro de Teverga.

El claustro es de planta rectangular. Lo más rico de sus fachadas es un friso de medallones de bustos de reinas, flanqueados de obra escultórica.

En la capilla de los Vaca se encuentran expuestos el gallo veleta de la torre, realizado en cobre plomado recubierto de oro y una campana, considerada la más antigua de España, fundida en 1086.

La Torre se construye en tres fases: los dos primeros tramos son del siglo XI, es la parte cercana a la muralla, que se concibió como recinto de defensa. Los dos siguientes son del siglo XII y sirven de campanario. La cubierta es del siglo XVIII.